В течение XII в. некоторые монашеские ордена, рожденные в Святой земле во время I Крестового похода, стали обосновываться на Пиренейском полуострове, привлекая новобранцев и получая земли от Иберийских королей, помогая им в их реконкисте.

Пример христианского поведения, подаваемый Тамплиерами и Госпитальерами, возможно, имел решающее значение в появлении первых иберийских военных орденов, основанных на тех же идеалах ведения евангельского образа жизни и борьбы с неверными с оружием в руках, защищая Святую Церковь.

Существование братств мирян, ведущих монашеский образ жизни и сражающихся с оружием в руках, защищая церковь и слабых, было известно и в иберийских королевствах. Одно из таких братств, созданное, чтобы защищать пилигримов, следующих по «пути Сантьяго», и помогать им, было известно как Fratres de Caceres, которому король Фердинанд II Леонский (1157-1188) передал цитадель Caceres в 1170 г. Предводителем рыцарей был магистр – Дон Педро Фернандес (Pedro Fernandez), достигший к 1171 г. договоренности с архиепископом Компостелла, в результате чего рыцари Касереса получили статус покровительствуемых Святым Иаковом, и стали известны как Milicie Iacobitane .

Светские рыцари, как женатые, так и холостые, а также бывшие жены женатых рыцарей, формировали сообщество, жившее согласно общему уставу, по подобию устава Св.Августина. К 1173 г. папа Александр III принял рыцарей Сантьяго и их владения под свое покровительство, и два года спустя, одобрил их устав и признал общину как военный монашеский орден буллой Benedictus Deus . Статуты были вновь одобрены папой Иннокентием III на Четвертом Латеральном Совете в 1215 г.

Согласно пересмотренному уставу (1175), традиционно составленному августинским кардиналом Алберто де Мора (в последствии избранным папой Григорием VIII ), и близко следующему уставу Св.Августина, мирские братья – рыцари принимали три евангельских обета: послушания, нищенства и брачного целомудрия. Обет целомудрия соблюдался в соответствии с положением рыцаря – то есть, рыцари, которые были уже женаты, должны были жить целомудренно в браке со своими женами. Холостые рыцари должны были оставаться непорочны.

К 1175 г. орден уже обзавелся еще одной группой членов, клириками в духовных орденах, именуемых братьями - капелланами, примкнувшими, вероятно, к новому ордену между 1173-75 гг., и прежде принадлежавшими к ордену Св.Августина.

Орден Сантьяго появился в Португалии еще в 1172 г., и сыграл значительную роль в реконкисте, помогая королям Португалии в войне с маврами. Первое упоминание о землях, дарованных рыцарям португальскими монархами, датируется 1172 г.

Хотя орден формально зависел от Великого магистра в Кастилии, будучи одним из крупнейших командорств, он с самого начала принял национальный характер. Политически орден зависел только от королей Португалии, пожаловавших ордену обширные территории, например землю на южном берегу Тагуса, которую рыцари помогли отвоевать у мавров.

В 1194 г. они получили конвент Сантуш-у-Вельу (Santos-o-Velho), расположенный тогда в окрестностях Лиссабона. Ордену был передан и вновь захваченный Алкасер ду Сал на реке Саду, затем и во второй раз в 1217 г., вслед за передачей Алмады, напротив Лиссабона, а также Сезимбры.

К 1239 г. они получили Алфажар да Пена (ныне на территории Испании) и южную мавританскую крепость Мертола на берегу Гвадианы, и перенесли свою штаб-квартиру в этот старинный город, где она и находилась, по меньшей мере, до 1284 г.

В 1240 г. Орден получил от короля Португалии вновь завоеванное поселение Аямонте ( Ayamonte ) на берегу Гвадианы, а в 1244 важный город Тавира в Алгарве. Все эти владения и многие другие упоминались в нескольких буллах папы Иннокентия IV в сентябре 1245 г.

Еще одной штаб-квартирой ордена был стратегический город Алкасер ду Сал, где он базировался с 1217 по 1239 г., после чего переместился в Мертолу. В 1284 г. орден вновь переехал в Алкасер ду Сал, а в 1442 г. в Палмелу.

К середине XIII в. Дон Пайу Переш Коррейа – гранд-командор Португалии был избран Великим Магистром ордена общим собранием, что положило начало существенному вмешательству в управление португальского гранд-командорства ордена. Это послужило причиной конфликтов с португальскими рыцарями и португальской короной. С окончанием реконкисты на португальской территории к 1250 г. конфликты с соседним королевством Кастилии приобрели более высокий приоритет.

Поскольку Кастилия и Португалия находились в тот момент в состоянии «латентной» войны, формальная зависимость гранд-командорства Португалии от уклешских магистров стала опасна для интересов португальской монархии, и король Диниш I попросил Рим признать автономию португальского Ордена Сантьяго.

Автономия португальского командорства была признана папским установлением 1288 г. – «Pastoralis officii» Николая IV , позволяя португальским рыцарям Сантьяго избирать собственного магистра. Целестин V в 1294 г. возобновил эту прерогативу, но под суровым давлением Кастилии и по просьбе Уклешского Великого магистра, пересмотрел свое решение, вновь поместив португальское гранд-командорство в зависимость от кастильских магистров.

В 1314 г. Португальское собрание ордена избрало собственного магистра – Дона Лоуренсу Эанеша, при поддержке короля Португалии, и игнорируя подчинение Гранд-мастеру Уклез.

Возник длительный диспут с Кастилией и уклешским Гранд-мастером Сантьяго, которые успешно апеллировали в Рим, к папам Бонифацию VIII, Клементу V и Иоанну XXII. Однако, в 1333 г. Папа Иоанн XXII приказал в присутствии Архиепископов Браги и Сантьяго де Компостелла урегулировать вопрос, что не дало практических результатов.

Затяжной спор был разрешен в 1440 и в 1452 гг. формальным и окончательным признанием суверенитета португальской ветви ордена Сантьяго папами Евгением IV и Николаем V - буллой «Ex apostolice sedis».

В период правления королей Афонсу III и Диниша I политика короны была направлена на централизацию феодальной власти различных лордов, светских и клерикальных. Одной из наиболее могущественных сил королевства были как раз духовно-рыцарские ордена. Политика королевства в отношении орденов состояла в том, чтоб наделять их землями и привилегиями, одновременно предохраняя их от влияния иностранных магистров в Кастилии. В этой борьбе за автономию Орден Сантьяго постепенно переходил под влияние короны посредством выбора рекомендованных королем магистров.

В 1386 г. Дон Фернанду Афонсу де Албукерк, магистр Ордена Сантьяго в Португалии умер, и общим собранием был избран магистром Д. Руи Фрейр. Король Жуан I , однако, не одобрил этот выбор и предложил взамен кандидатуру Дона Меня Родригеша де Вашкунселлуша, одного из своих верных сторонников в войне против Кастилии. Общее собрание пошло навстречу желанию монарха и избрало последнего, передав в управление «низложенному» Д. Руи Фрейру богатые командорства Палмелла и Арруда.

После кончины последнего «избранного» магистра в 1418 г. и во время правления короля Жуана I один их его сыновей – Принц Жуан – был назначен, с одобрения папы, управляющим ордена.

В период его правления центр ордена был перенесен, как ранее было сказано, из Алкасера ду Сал в Палмелу, где он построил конвент, готовый принять рыцарей. С этого момента и в дальнейшем, управление орденом оставалось в руках членов королевской семьи, пока в 1551 г по кончине сына Жуана II, принца Жоржи, герцога Коимбры и магистра орденов Авиш и Сантьяго, папа Юлиус III не передал должность Великого магистра всех трех военных духовных орденов королю Португалии в период правления Жуана III.

Король Жуан III основал Королевский Совет, обладавший юридическими полномочиями по управлению делами ордена. Вступление в орден в качестве рыцаря и получение в управление командорства с его достаточно высокими доходами, стали престижными целями для охотников за общественным статусом.

С другой стороны, грандмастерство орденов давало королю важный способ вознаграждения заслуг без ущерба для налогов и истощения прочих доходов казны, которые всегда были не слишком обширны.

Испанские Габсбурги, захватив корону Португалии (в 1580 г.), активно использовали орден для заполучения верности своих не слишком лояльных подданных, и Жуан IV, Герцог Браганса, будучи провозглашенным королем Португалии в 1640 г., тоже использовал жалование плащей и командорств орденов для привлечения лояльных новой династии.

В середине XVI в. новый устав, отражавший тенденции религиозной нетерпимости того времени, запретил принятие в духовные военные ордена лиц с «пораженной кровью» или незнатного происхождения. Таким образом, вступление в ордена стало в некоторых случаях, способом скрыть свое темное происхождение и приобрести социальный статус. Эти уставы действовали вплоть до середины XVIII века, когда, наконец, под влиянием Маркиза Помбала, премьер-министра короля Жузе I, религиозная дискриминация была формально отменена.

Командорства становились почти наследственной собственностью верховной знати и титулованных фамилий королевства, и их значительные доходы порой были источником средств к существованию этих семейств вплоть до 1834 г.

В 1789 г. по просьбе Марии I папа Пий VI одобрил реформу, известную в последствии как секуляризация военных орденов. Ордена в своей мирской части приобрели преимущественно рыцарский и аристократический характер.

Этой реформой были введены три класса: великого креста, командоров и рыцарей. Некоторые из старинных рангов духовных орденов были сохранены и присваивались членам королевской семьи.

Реформа либералов (1832-1834) упразднила Военный Орден Сантьяго вместе с прочими орденами, и все его имущество было конфисковано. Конвенты и земли были распроданы с публичных торгов.

Орден стал обычной наградой за заслуги, в соответствии с принципом равенства, закрепленным в либеральной Конституции, ранее введенной королем Педру IV Португальским.

Когда после гражданской войны на трон взошла Мария II Да Глориа, вступление в ордена с соблюдением принципа равенства в награду за заслуги граждан продолжало осуществляться согласно правилам Марии I, вплоть до реформы 1862 г.

В правление Луиша I орден был действительно реформирован, и получил имя «Старинный дворянский орден Св. Иакова за заслуги в области науки, литературы и искусства», что отражало его новую сущность.

Орден при Республике

В 1910 Республика упразднила ордена, но в 1917-18 гг., в конце войны, некоторые из них были возрождены в качестве орденов славы как награды за выдающиеся заслуги перед Государством, пост Грандмастера при этом был закреплен за главой государства – Президентом Республики.

Орден Сантьяго был возобновлен и реорганизован в 1918 г. под именем «Военного Ордена Св.Иакова Меча» с пятью рангами. Он мог присуждаться как португальцам, так и иностранным подданным в награду за заслуги в области науки, литературы и искусства.

Статуты ордена вместе с прочими португальскими орденами славы были пересмотрены несколько раз при I Республике (1910-1926), затем в 1962, и в 1986.

Орден в настоящее время

Великим магистром ордена является Президент Республики.

Военный Орден Св.Иакова Меча вместе с Военным Орденом Христа и Ависским Военным Орденом формируют группу Старинных Военных орденов, управление которой осуществляется с помощью Канцлера и Совета из восьми членов ордена, назначаемых Президентом Республики для содействия ему как Великому Магистру во всех вопросах управления орденами.

Орден может присуждаться португальцам и иностранным подданным, как военным, так и гражданским лицам, за заслуги в науке, литературе и искусстве. По рангу орден следует за Ависским Военным орденом.

Орден имеет Гранд-коллар (цепь) и пять рангов: Великий Крест, Гранд офицер, командор, офицер и рыцарь/леди.

Гранд - коллар присуждается иностранным главам государств .